Τα θεωρητικά θεμέλια της Συστημικής Σκέψης προέρχονται από τη Γενική Συστημική Θεωρία που ανέπτυξε ο Ludwig von Bertalanffy και έχουν επίσης κυριαρχήσει στις κοινωνικές επιστήμες από το δεύτερο μισό του 20ού αιώνα.

Σύμφωνα με αυτήν την προσέγγιση, οι κοινωνικές, οικολογικές και οικονομικές διαδικασίες είναι διασυνδεδεμένα, δυναμικά συστήματα, όπου κάθε παρέμβαση επηρεάζει και άλλα στοιχεία.

Η συστημική προσέγγιση στην κοινωνική καινοτομία τονίζει ότι τα προβλήματα δεν υπάρχουν μεμονωμένα, αλλά σε διασυνδεδεμένα δίκτυα.

Επομένως, οι αποτελεσματικές παρεμβάσεις δεν ανταποκρίνονται σε μία μόνο αιτία, αλλά μάλλον διαχειρίζονται πολύπλοκες αλληλεπιδράσεις – μέσω ανατροφοδοτήσεων, προσαρμογών και διαδικασιών μάθησης.

Τα μεθοδολογικά εργαλεία της Συστημικής Σκέψης – όπως οι βρόχοι αιτιότητας, οι χάρτες επιπτώσεων ή η ανάλυση συστημάτων ενδιαφερομένων – είναι ιδιαίτερα κατάλληλα για την ερμηνεία αστικών συστημάτων, προγραμμάτων προσαρμογής στην κλιματική αλλαγή ή μοντέλων συμμετοχικής διακυβέρνησης.

Αυτή η θεωρία μπορεί να αποτελέσει τη φιλοσοφική βάση ολόκληρου του σώματος γνώσης: οι αστικές καινοτομίες μπορούν να γίνουν κατανοητές αν αντιμετωπίσουμε τις κοινωνικές, τεχνολογικές και περιβαλλοντικές διαστάσεις ως ένα ολοκληρωμένο σύστημα.